Il existe trop de types de médicaments pour donner une recommandation générale.
Certains médicaments, comme ceux qui utilisent les ingrédients vert malachite ou formol, sont très durs pour les invertébrés (escargots, crevettes) et plus durs pour les poissons sans écailles (poissons-chats, loches) et les poissons d'eau douce (tétras cardinaux, béliers bleus allemands, discus). Elles sont également dures pour les plantes. Je déconseille de les traiter dans un bassin communautaire, sauf si l'on pense que le problème à la racine touche tous les poissons et que ceux-ci sont susceptibles de le tolérer à la dose nécessaire. Ces deux ingrédients peuvent tuer vos bactéries nitrifiantes, mais pas forcément.
Les antibiotiques (kanamycine, érythromycine, tétracycline, autres) sont généralement mieux tolérés par une plus grande variété de créatures et, dans les bonnes circonstances, peuvent être appliqués de manière relativement sûre à tout un aquarium. Cela dit, certaines d'entre elles tueront vos bactéries nitrifiantes, ce qui aura pour effet de dérégler votre aquarium et de vous faire subir des pics d'ammoniac persistants qui tueront ou blesseront gravement vos poissons. Le cuivre est un ingrédient qui peut être très efficace pour certaines affections, mais il est également très agressif pour les poissons sans écailles et, en général, il tue les poissons en cas de surdosage. Il est absolument mortel pour les invertébrés et est difficile à retirer du réservoir. Même des quantités infimes de résidus de traitements administrés il y a longtemps peuvent tuer les escargots et les crevettes. Je n'appliquerais jamais de cuivre dans un aquarium communautaire.
Il existe certains médicaments antiparasitaires, comme le métronidazole et le praziquantel, qui sont très doux et ne devraient pas poser de risques sérieux dans un aquarium communautaire. Je ne les mettrais pas dans un aquarium à moins d'être certain que certains poissons en ont besoin ; je ne les mettrais pas dans un aquarium par pure précaution.
En règle générale, il faut se renseigner sur les ingrédients actifs du médicament, lire les avertissements et les recommandations du fabricant, puis rechercher les ingrédients individuellement pour apprendre des autres aquariophiles et des autres sources.